Objectif principal : Développement d’algorithmes avancés de traitement d’image 3D OCT pour l’extraction du signal métabolique de cellules ganglionnaires rétiniennes in-vivo.
Contexte
Ce poste rejoint le projet ANR BRAINS du groupe de Pedro Mecê visant à developer un dispositive d’imagerie optique capable de lier la rétine au cerveau et d’observer de manifestations de maladie neurodégénérative à travers l’oeil. En effet, la rétine fait partie du système nerveux central (SNC). C’est pourquoi, plusieurs troubles majeurs du SNC, comme la maladie d’Alzheimer et la maladie de Parkinson, se manifestent au niveau de la rétine et surtout dans la couche des cellules ganglionnaires. Grâce aux propriétés optiques de l’œil, la rétine est directement accessible à l’imagerie optique avec une résolution cellulaire, suggérant que l’œil est une fenêtre sur des maladies neurodégénératives. Malgré les avancées récentes de l’imagerie rétinienne in-vivo, les cellules ganglionnaires restent inaccessibles à la visualisation dans l’environnement clinique, en raison de leur translucidité optique générant un faible rapport signal sur bruit.
Mission
Les objectifs de la thèse de doctorat seront :
• Mettre en place des algorithms avancés de traitement d’image en MatLab ou Python afin d’extraire des signaux métabolique de cellules ganglionnaires à partir de données 3D générées par un système de Tomographie par Cohérence Optique (OCT) dans le domaine de Fourier ;
• Mettre en œuvre des changements ponctuels dans le dispositif OCT existant ;
• Définir et mener de protocoles d’imagerie sur des sujets de contrôle ;
• Développer des algorithms d’analyse et interpretation d’image basés sur le Deep Learning afin d’extraire des biomarqueurs relatives aux maladies neurodégénératives.
Ces travaux seront réalisés en interaction avec les chercheurs, ingénieurs, médecins et doctorants de l’Institut Langevin et du groupe Paris Eye Imaging localisé à l’Hôpital d’Ophtalmologie de Quinze-Vingts.
Qualités requises
• Le/la candidat(e) a suivi un Master 2 recherche en physique ou une école d’ingénieur
• Le (la) candidat(e) aura une expérience initiale en optique avec un goût pour la microscopie, l’instrumentation optique et surtout pour le traitement des images.
• Le traitement et l’analyse des images utilisent en général le langage MATLAB et/ou Python avec lequel(s) (la) candidat(e) devra être familier(e).
Lieu du poste
Institut Langevin, 1 rue Jussieu 75005 Paris, France
Modalités de candidature
Envoyer une lettre de motivation et un CV comprenant les noms de deux références.
Contact
Pedro Mecê (
)
